Marsa Mubarak ospita una delle ultime popolazioni di dugonghi accessibili del Mar Rosso, una colonia di circa otto-dodici esemplari che pascolano nei prati di fanerogame marine tra l'alba e metà mattinata. La baia ha ottenuto lo status di protezione nel 2004 nell'ambito del quadro di gestione costiera dell'Egitto, limitando l'ancoraggio delle barche e il numero giornaliero di visitatori per preservare i fragili letti di Halodule e Halophila che sostengono questi mammiferi marini. I dugonghi, parenti del lamantino, possono vivere sessant'anni e richiedono fino a quaranta chilogrammi di erba marina al giorno, rendendo le secche soleggiate di Marsa Mubarak un habitat essenziale lungo una costa dove la maggior parte dei letti è degradata. Il sito attira biologi marini per la sua densità di tartarughe verdi, che nidificano lungo le spiagge adiacenti da maggio a settembre e si nutrono tutto l'anno di alghe che aderiscono ai bommies di corallo della baia. I tour di snorkeling con i dugonghi a Marsa Alam operano con permessi rilasciati dalla Red Sea Protectorates Authority, con guide formate per far rispettare i protocolli di non contatto e mantenere distanze di cinque metri dalla fauna selvatica. La tassa di conservazione finanzia le pattuglie dei ranger e le boe di ormeggio che prevengono i danni dell'ancora alla struttura della barriera corallina, un mix di tavole di Acropora, cumuli di Porites e giardini di corallo molle che ospitano oltre duecento specie di pesci. La geografia di Marsa Mubarak crea condizioni ideali: la baia si apre a sud-ovest, protetta dai venti dominanti del nord, e ha una profondità media da tre a sei metri nella maggior parte della zona di snorkeling. La limpidezza dell'acqua raggiunge il picco tra marzo e giugno, superando spesso i trenta metri di visibilità, sebbene i letti di fanerogame occupino acque più basse dove il sedimento riduce naturalmente la trasparenza. I modelli di pascolo dei dugonghi seguono i cicli di marea, con gli animali che si avvicinano alla riva durante l'alta marea quando i prati si sommergono completamente. Gli operatori locali gestiscono le partenze dei tour di snorkeling con i dugonghi a Marsa Alam da Port Ghalib e dalla città di Marsa Alam, raggiungendo solitamente la baia entro quaranta minuti di barca. La designazione di area protetta vieta la pesca e le moto d'acqua, mantenendo la calma acustica richiesta dai dugonghi. I ricercatori taggano periodicamente gli individui e la femmina residente nella baia, identificata da una cicatrice sulla pinna caudale sinistra, è documentata qui dal 2009, indicando una fedeltà al sito a lungo termine che le misure di conservazione mirano a sostenere.