Marsa Mubarak beherbergt eine der letzten zugänglichen Dugong-Populationen des Roten Meeres, eine Kolonie von etwa acht bis zwölf Tieren, die zwischen Sonnenaufgang und Vormittag auf den Seegraswiesen grasen. Die Bucht erhielt 2004 im Rahmen des ägyptischen Küstenmanagement-Rahmenwerks den Schutzstatus, der das Ankern von Booten einschränkt und die tägliche Besucherzahl begrenzt, um die empfindlichen Halodule- und Halophila-Bestände zu bewahren, die diese Meeressäuger ernähren. Dugongs, Verwandte der Rundschwanzseekühe, können sechzig Jahre alt werden und benötigen täglich bis zu vierzig Kilogramm Seegras, was die flachen, sonnendurchfluteten Ebenen von Marsa Mubarak zu einem wesentlichen Lebensraum entlang einer Küste macht, an der die meisten Seegraswiesen bereits degradiert sind. Der Standort zieht Meeresbiologen aufgrund der Dichte an Suppenschildkröten an, die von Mai bis September an den angrenzenden Stränden nisten und das ganze Jahr über Algen fressen, die an den Korallenblöcken der Bucht haften. Schnorcheltouren mit Dugongs in Marsa Alam werden unter Genehmigungen der Red Sea Protectorates Authority durchgeführt, wobei die Guides darin geschult sind, Protokolle zum Nicht-Berühren durchzusetzen und einen Abstand von fünf Metern zur Tierwelt einzuhalten. Die Naturschutzgebühr finanziert Ranger-Patrouillen und Ankerbojen, die Schäden am Riff durch Anker verhindern – eine Mischung aus Acropora-Tischen, Porites-Hügeln und Weichkorallengärten, die über zweihundert Fischarten beherbergen. Die Geografie von Marsa Mubarak schafft ideale Bedingungen: Die Bucht öffnet sich nach Südwesten, ist vor vorherrschenden Nordwinden geschützt und weist im größten Teil der Schnorchelzone eine Tiefe von drei bis sechs Metern auf. Die Wasserklarheit erreicht zwischen März und Juni ihren Höhepunkt und übersteigt oft dreißig Meter Sichtweite, obwohl die Seegraswiesen selbst in flacherem Wasser liegen, wo Sedimente die Transparenz natürlich verringern. Das Fressverhalten der Dugongs folgt den Gezeitenzyklen, wobei sich die Tiere bei Hochwasser näher ans Ufer bewegen, wenn die Wiesen vollständig überflutet sind. Lokale Anbieter führen Schnorcheltouren mit Dugongs in Marsa Alam von Port Ghalib und der Stadt Marsa Alam aus durch und erreichen die Bucht normalerweise innerhalb von vierzig Minuten mit dem Boot. Die Ausweisung als Schutzgebiet verbietet das Fischen und den Einsatz von Jetskis und bewahrt so die akustische Ruhe, die Dugongs benötigen. Forscher markieren regelmäßig Individuen, und das in der Bucht ansässige Weibchen, das durch ein Narbenmuster an seiner linken Schwanzflosse identifiziert wurde, ist hier seit 2009 dokumentiert, was auf eine langfristige Standorttreue hindeutet, die durch Naturschutzmaßnahmen erhalten werden soll.