Marsa Mubarak alberga una de las últimas poblaciones de dugongos accesibles del Mar Rojo, una colonia de aproximadamente ocho a doce individuos que pastan en los prados de pastos marinos entre el amanecer y media mañana. La bahía obtuvo el estatus de área protegida en 2004 bajo el marco de gestión costera de Egipto, restringiendo el anclaje de barcos y limitando el número diario de visitantes para preservar los frágiles lechos de Halodule y Halophila que sustentan a estos mamíferos marinos. Los dugongos, parientes del manatí, pueden vivir sesenta años y requieren hasta cuarenta kilogramos de pastos marinos al día, lo que hace que los bajíos poco profundos y soleados de Marsa Mubarak sean un hábitat esencial a lo largo de una costa donde la mayoría de los lechos se han degradado. El sitio atrae a biólogos marinos por su densidad de tortugas verdes, que anidan a lo largo de las playas adyacentes de mayo a septiembre y se alimentan durante todo el año de las algas que se adhieren a los corales de la bahía. Los tours de esnórquel con dugongos en Marsa Alam operan bajo permisos emitidos por la Autoridad de Protectorados del Mar Rojo, con guías capacitados para hacer cumplir los protocolos de no contacto y mantener distancias de cinco metros de la vida silvestre. La tarifa de conservación financia patrullas de guardaparques y boyas de amarre que evitan daños por anclas a la estructura del arrecife, una mezcla de mesas de Acropora, montículos de Porites y jardines de coral blando que albergan más de doscientas especies de peces. La geografía de Marsa Mubarak crea condiciones ideales: la bahía se abre hacia el suroeste, protegida de los vientos predominantes del norte, y promedia de tres a seis metros de profundidad en la mayor parte de la zona de esnórquel. La claridad del agua alcanza su punto máximo entre marzo y junio, superando a menudo los treinta metros de visibilidad, aunque los propios lechos de pastos marinos ocupan aguas más someras donde los sedimentos reducen naturalmente la transparencia. Los patrones de pastoreo de los dugongos siguen los ciclos de las mareas, con los animales moviéndose más cerca de la costa durante la marea alta cuando los prados se inundan por completo. Los operadores locales realizan salidas para los tours de esnórquel con dugongos en Marsa Alam desde Port Ghalib y el pueblo de Marsa Alam, llegando generalmente a la bahía en cuarenta minutos en barco. La designación de área protegida prohíbe la pesca y las motos de agua, manteniendo la calma acústica que requieren los dugongos. Los investigadores marcan a los individuos periódicamente, y la hembra residente de la bahía, identificada por una cicatriz en su aleta caudal izquierda, ha sido documentada aquí desde 2009, lo que indica una fidelidad al sitio a largo plazo que las medidas de conservación buscan mantener.