Marsa Mubarak abrite l'une des dernières populations accessibles de dugongs de la mer Rouge, une colonie d'environ huit à douze individus qui broutent les herbiers marins entre l'aube et la matinée. La baie a obtenu le statut de zone protégée en 2004 dans le cadre du plan de gestion côtière de l'Égypte, restreignant le mouillage des bateaux et limitant le nombre quotidien de visiteurs afin de préserver les fragiles herbiers de Halodule et Halophila qui soutiennent ces mammifères marins. Les dugongs, cousins des lamantins, peuvent vivre soixante ans et nécessitent jusqu'à quarante kilogrammes d'herbes marines par jour, faisant des hauts-fonds ensoleillés de Marsa Mubarak un habitat essentiel le long d'un littoral où la plupart des herbiers se sont dégradés. Le site attire les biologistes marins pour sa densité de tortues vertes, qui nichent sur les plages adjacentes de mai à septembre et se nourrissent toute l'année d'algues accrochées aux récifs de la baie. Les excursions de plongée avec tuba à la recherche des dugongs de Marsa Alam opèrent sous des permis délivrés par l'Autorité des zones protégées de la mer Rouge, avec des guides formés pour faire respecter les protocoles de non-contact et maintenir une distance de cinq mètres avec la faune. Les frais de conservation financent les patrouilles de gardes forestiers et les bouées d'amarrage qui empêchent les ancres d'endommager la structure du récif, un mélange de tables d'Acropora, de monticules de Porites et de jardins de coraux mous abritant plus de deux cents espèces de poissons. La géographie de Marsa Mubarak crée des conditions idéales : la baie s'ouvre au sud-ouest, à l'abri des vents dominants du nord, et présente une profondeur moyenne de trois à six mètres sur la majeure partie de la zone de snorkeling. La clarté de l'eau culmine entre mars et juin, dépassant souvent trente mètres de visibilité, bien que les herbiers marins eux-mêmes occupent des eaux moins profondes où les sédiments réduisent naturellement la transparence. Les habitudes de broutage des dugongs suivent les cycles des marées, les animaux se rapprochant du rivage pendant la marée haute lorsque les prairies sont totalement inondées. Les opérateurs locaux organisent des départs pour les excursions de plongée avec tuba à la recherche des dugongs de Marsa Alam depuis Port Ghalib et la ville de Marsa Alam, atteignant généralement la baie en quarante minutes par bateau. La désignation de zone protégée interdit la pêche et les jet-skis, maintenant le calme acoustique nécessaire aux dugongs. Les chercheurs marquent périodiquement les individus, et la femelle résidente de la baie, identifiée par une cicatrice sur sa nageoire caudale gauche, y est documentée depuis 2009, indiquant une fidélité au site à long terme que les mesures de conservation visent à soutenir.